| 年號 |
開元寺重要紀事 |
| 康熙19年（永曆34年，1680）10月 |
鄭經築承天府行臺（即洲仔尾園亭，亦名北園別館、鄭氏別館）。 |
| 康熙22（1683）年8月18日 |
鄭克塽降清。 |
| 康熙22（1683）年年底 |
清廷頒布〈編查流寓六部處分則例〉。 |
| 康熙23年（1684） |
施琅建議清廷頒布渡臺禁令三條。 |
| 康熙25（1686）年 |
第一任臺廈道周昌結亭築室，為之記，且繪而圖之。 |
| 康熙29年 |
臺灣鎮總兵的王化行提議改建承天府行臺為寺，獲得第二任臺廈道兵巡王效宗許可，聘請志中禪師為第一任住持，名曰海會寺。 |
| 康熙34（1695）年1月 |
志中禪師閉關三年，弟子福宗募鑄梵鐘圓滿。 |
| 乾隆14年 |
臺灣分巡道書成重修海會寺。 |
| 乾隆42（1777）年 |
臺灣知府蔣元樞重修海會寺。 |
| 嘉慶元（1796）年 |
水陸提督兼管臺灣鎮總兵哈當阿倡修海會寺，並改名「海靖寺」。 |
| 咸豐5（1855）年 |
傳芳和尚生於臺南市上橫街。 |
| 咸豐9（1859）年 |
開元寺重修。 |
| 同治3（1864）年（？） |
榮芳和尚歸臺，任開元寺住持，並重修寺宇。 |
| 光緒7（1881）年 |
傳芳經榮芳和尚介紹至鼓山出家。 |
| 光緒8年（1882）冬 |
榮芳和尚圓寂。 |
| 光緒11（1885）年 |
悟順和尚為寺監院，主持普同塔的募建。 |
| 光緒18（1892）年 |
開元寺小幅度的整修，留下「小西天」匾額一塊。 |
| 明治28（1895）年12月 |
日本曹洞僧佐佐木珍龍隨南進軍南下臺南，與開元寺等五寺訂下本末寺契約。 |
| 明治36（1903）年 |
玄精和尚由鼓山返臺接任開元寺住持。 |
| 明治38（1905）年8月 |
玄精和尚重修開元寺落成。 |
| 明治41（1908）年8月 |
玄精以「詐欺」被臺南警務課逮捕。 |
| 明治42（1909）年4月 |
保釋出獄，轉往日本，後住錫在泉州海印寺。 |
| 明治43（1910）年 |
傳芳和尚由善慧和尚請來五股淩雲寺講經說法。 |
| 明治45（1912）年 |
傳芳和尚從臺北回臺南，駐錫開元寺，貞女妙緣為其護法。 |
| 大正2（1913）年 |
傳芳和尚任開元寺43代住持。 |
| 大正2（1913）年10月 |
傳芳和尚傳授三皈五戒。 |
| 大正5（1916）年11月 |
開元寺從曹洞宗改宗臨濟。 |
| 大正6（1917）年3月 |
傳芳和尚與臺北臨濟寺長穀慈圓、觀音山住持本圓、臺南開元寺現任住持成圓，到大陸福州鼓山等地視察佛教，後並轉往日本京都參詣臨濟宗妙心寺派本山。 |
| 大正6（1917）年12月 |
開元寺傳芳和尚第二次傳三皈五戒。 |
| 大正6（1917）年12月16日 |
開元寺迎請大藏經。 |
| 大正8（1919）年5月1日 |
傳芳圓寂。 |
| 大正8（1919）年8月 |
成圓任開元寺第44代住持。 |
| 大正8（1919）年12月 |
開元寺第3次傳戒（四眾戒會）。 |
| 大正10（1921）年3月 |
成圓被選為「南瀛佛教會」創立委員。 |
| 大正10（1921）月農曆8月 |
得圓和尚暫管開元寺寺務。 |
| 大正10年11月14日 |
「南瀛佛教會」第二回講習會在開元寺召開，前後20天。 |
| 大正12年4月20日 |
設置總本部開教所及宗務主事駐在所於開元寺。 |
| 大正13（1924）年7月27日 |
得圓和尚被推選為開元寺管理人（開元寺第45代住持）。 |
| 大正13（1924）年 |
重修山門。 |
| 大正14年9月20日 |
臨濟宗布教會議在開元寺召開。 |
| 昭和2（1927）年 |
林秋梧禮得圓出家，法號證峰。 |
| 昭和2（1927）年冬 |
成圓從廈門押返，詮淨欲招回寺未果。 |
| 昭和3年3月2日 |
臨濟宗關係者懇談會在開元寺召開。 |
| 昭和4（1929）年 |
增設僧伽學堂。 |
| 昭和5年1月12日 |
中南部寺廟宗務會議在開元寺召開。 |
| 昭和5年3月3日 |
臨濟宗各機關研究會議在開元寺召開。 |
| 昭和6年 |
建圓光寶塔。 |
| 昭和7（1932）年2月 |
第12屆「南瀛佛教講習會」在開元寺召開。 |
| 昭和8（1933）年5月11日 |
成圓病亡於廈門。 |
| 昭和8年 |
重修天王殿，並改稱彌勒殿。 |
| 昭和9（1934）年10月10日 |
林秋梧（證峰）圓寂，得年32。 |
| 昭和9年12月 |
開元寺第四次傳戒（四眾戒會）。 |
| 昭和9年12月 |
慈月尼在開元寺受戒，時年70歲。 |
| 昭和12年4月12日 |
第1屆臨濟宗教師養成所在開元寺召開。 |
| 昭和18年 |
證光和尚（高執德）任開元寺第46代住持。 |
| 民國35年 |
得圓和尚圓寂。 |
| 民國37年12月8日 |
證光和尚在開元寺創辦「延平佛學院」。 |
| 民國41年12月1日 |
觀音講寺落成，學慈（悟慈）和尚任住持。 |
| 民國42年1月2日 |
印明和尚任開元寺第47代住持。 |
| 民國43年5月 |
高執德遭保密局逮捕。 |
| 民國44年8月31日 |
高執德在臺北槍決。 |
| 民國47年 |
印明和尚圓寂。 |
| 民國48年2月 |
眼淨和尚任開元寺第48代住持。 |
| 民國48年10月20日 |
「開元佛學書院」第1屆招生。 |
| 民國51年2月15日 |
眼淨和尚當選第8屆臺南市佛支會理事長。 |
| 民國58年2月 |
悟慈和尚任開元寺第49代住持。 |
| 民國59年 |
悟慈和尚創辦開元幼稚園，並增建兩廊、西皈堂、老人之養護所，修繕大殿、彌勒殿、山門。 |
| 民國64年 |
悟慈和尚創辦開元寺慈愛醫院。 |
| 民國70年 |
悟慈和尚獲美國東方大學（榮譽）哲學博士學位。 |
| 民國71年 |
慈母達宗尼師圓寂於麻豆保濟寺，悟慈和尚兼任該寺住持。 |
| 民國75年 |
悟慈和尚開辦開元禪學院。 |
| 民國77年 |
悟慈和尚膺任臺南市佛教分會理事長。 |
| 民國94年5月7日 |
悟慈和尚圓寂，郁定和尚接任第50代住持。 |
| 民國94年7月 |
開元禪學院暫停。 |